隨著生產力的發展，現階段人類對河流的改造能力已大大增強，人類開始采用大量的工程方法控制河流，修筑了水庫、堤防和發電等工程。人類對河流的開發治理過程中，常以防洪為主要目的，除修建大量堰壩和堤防外，還有河道裁彎取直、硬質邊坡等，這些工程措施都不可避免地破壞了自然河流的連續化，對河流生態系統造成不同程度的損傷。堰壩的修建破壞了自然河流縱向（順水流方向）的連續性，使得河流被節點化、臺階化，其自然徑流模式被改變，流速、水深、水溫及水流邊界條件都發生了重大變化，其物理、化學和生態特征都呈現出不同程度的改變，流域生態系統受到擾動和破壞。
河流的人為改造現狀
（1）河流縱向形態直線化
順直河流利于航行或行洪，河流整治工程往往將一些河段裁彎取直或直線化處理，蜿蜒曲折的天然河流被改造成直線或折線型的人工河流，失去了彎道與河灘相間、急流與緩流交替的格局，對流速、水深和水溫有不同習性的水生動物失去了原有的棲息地條件，河流廊道的植被也受到單一化影響。
（2）河道橫斷面幾何化
傳統工程設計往往把自然河流的復雜形態變成若干種幾何規則斷面， 梯形、矩形斷面的水力學斷面過流能力大，易于施工控制，因此在施工中的河流斷面多為簡單的幾何形狀，從而改變了河流橫斷面深潭淺灘交錯的自然格局。
（3）堤防與邊坡護岸材料的硬質化
混凝土、漿砌塊石等建筑材料的抗沖、抗侵蝕性及耐久性好，常用于防洪工程的堤防和河床邊坡的迎水面。但是硬質化的護坡結構隔斷了地表水和地下水的聯系通道，使大量水陸交錯帶的植物失去生存條件，另外，人工護坡的光滑表面也改變了原來天然岸坡的特性，破壞了魚類原有的產卵場所和生物的原有棲息地。
（1）構筑水壩引起順水流方向的河流中斷
大壩的構建將河流變成了相對靜止的人工湖，庫區和大壩下游河段的原有的生態條件發生了變化，破壞了河流原有的水文連續性、營養物質輸移連續性、生物群落連續性和信息流連續性，導致沿河水陸生生物生存環境發生巨大變化，引起生態退化、物種消失。
（2）構筑堤防引起的河流側向的中斷
堤防一方面堤防保護居住區免受洪水侵害，保障社會經濟的安全，另一方面因利用灘地阻止了水流的橫向擴展，形成側向的水流中斷性。堤防把干流與灘地和洪泛區隔離，使岸邊地帶和洪泛區的棲息地發生改變，導致灘區和洪泛區的生態功能退化。
河流生態修復的基本思路
對河流進行生態修復不可能停留在有限的點線面上，而應是一項復雜而龐大的立體工程。
（1）修復河道形態
即把經過人工改造的河流修復成保留一定自然彎曲形態的河道，重新營造出接近自然的流路。具體來說就是恢復河流的彎曲、蛇形，使河流既有淺灘，又有深潭，造就水體流動多樣性，以有利于生物的多樣性。
（2）修復河床斷面
主要是改造河流中被水泥和混凝土硬化覆蓋的河床，恢復河床的多孔質化，同時改造護岸，建設生態河堤，為水生生物重建生息地環境，使河流集防洪、生態功能于一體，增強自然景觀，創造優美的水邊環境，提供豐富自然的親水空間。
（3）修復喪失的河岸帶植被和濕地群落
即運用生物、生態工程的技術與方法，依據人為設定的目標，恢復河岸帶植被及原有自然泛濫平原和濕地景觀，充分發揮河岸帶植被的緩沖帶功能和護坡效應，盡可能恢復和重建退化的河岸帶生態系統，保護和提高生物多樣性。
河流生態修復的基本原則
（1）因地制宜和尊重自然的原則
由于不同區域具有不同的生態環境背景，如氣候條件、地貌和水文條件等，同時不同的河流人為給予的干擾性也不同，這就要求我們在恢復和重建退化生態系統的時候，要因地制宜，具體問題具體分析，千萬不能照搬照抄，而應在長期定位試驗的基礎上，找出一個行之有效的方案。
（2）主功能優先原則
河流系統各項功能在不同階段和河段的重要程度有所不同。對于一些經濟發展迅速、開發過度、污染問題突出的地區，需要優先恢復其自凈功能。對于經濟發達的地區可以優先考慮滿足生態功能的需求，改善河流生態系統結構和功能。
（3）生態學原則
生態學原則要求根據生態系統自身的演替規則分步驟分階段進行，循序漸進。在生態恢復與重建時，要有整體系統思想。根據生物間及其與環境間關系，以及生物多樣性原理，構建生態系統結構和生物群落，使物質循環和能量轉化處于最優循環狀態，力求達到各成分同步演進，使恢復后的生態系統穩步、持續地維持與發展。
（4）生物多樣性原則
生物多樣性是河流生態系統平衡和河流系統健康的基礎。河流生態修復應該遵循生物多樣性原則，在防止生物入侵的前提下，引入本土生物，構建生境廊道，保護和增加河流系統生物多樣性。
（5）工程措施和非工程措施并舉原則
河流生態修復在注重工程措施的同時，如果能加強管理，充分利用宣傳教育、法律法規、經濟杠桿等非工程措施的積極作用，往往達到事半功倍，標本兼治的效果。
生態系統的自我恢復往往較為緩慢，而人為重建可在一定程度上改變生態系統演替的方向和速度，并可縮短其恢復周期。在不同的地區，生態系統的自我恢復能力和所需的時間具有很大的地域差異。通常而言，在溫暖濕潤的氣候條件下，自然恢復速度比較快；而在寒冷或于燥的氣候條件下，自然恢復速度比較慢。因此，各地區為了實現各自生態系統的有效恢復與重建，就必須遵循恢復生態學的基本規律，結合實際情況，選擇合理的重建模式和技術體系。
